V současné době má knihovna přes 20 000 položek. Základní fond je budován dle potřeb odborných pracovišť a zahrnuje tituly od 19. století po současnost.

V knihovně je vybudován jmenný a názvový katalog. Celá knihovna je zpracována v programu CLAVIUS. Knihovna je využívána jak pracovníky muzea, tak badateli z jiných institucí či z řad veřejnosti buď formou prezentačního studia nebo výpůjčkami dle směrnic RMM.

KNIHOVNÍ FOND MIMO JINÉ OBSAHUJE:

• - publikace, týkající se současnosti i historie vinařství a vinohradnictví, katalogy přehlídek vín a vinařská periodika
• - knihy a časopisy, týkající se historie Mikulova a jižní Moravy (pálava, Podyjí). Za zmínku stojí soubor geologických a historických prací dr. Karla Jüttnera.
• - díla autorů, jejichž tvorba se vztahuje k našemu regionu. Například téměř kompletní soubor děl bratří Mrštíků a literatury, která se týká jejich osobností a tvorby.
• - samostatnou částí knihovního fondu jsou Judaica, uložena na pracovišti Dokumentační centrum moravského židovství.